清乾隆五十一年（1786），天后祖祠重建。祖祠主祀宋雕软身敕封天后妈祖，后殿供奉圣父母及历代祖先之神位，乾隆五十三年（1788）圣旨谕天后本籍祠宇，令地方官春秋二祭。
1984年，港里村民集资按祖祠原式复建，至1988年２月２日（丁卯年十二月十五）贤良港天后祖祠重建完竣，举行告竣大典。
妈祖是宋建隆元年（960）农历三月廿三诞生在贤良港港里村，原名林默，年少时观井得符，且精于医道，治病救人，又熟水性，救助遇难船只，二十八岁（宋雍熙四年[987]农历九月初九）登上湄洲岛祖庙山，升天羽化，继续显灵，神通广大，敬奉为海上女神。
祖祠东侧，有一古井，是妈祖窥井受符的“龙泉井”。1993年台湾省台中市大国际同济会、会长王基财先生及会员捐资兴建“符井轩”和“同济亭”，以纪念“受符井”的龙泉井水为“圣水”。
祖祠面海近岸处中有三块巨大的礁石，称为“三柱香”，浪潮击石，如似点燃“三柱香”，是船舶入港的引导标志。
祖祠石雕牌坊（台北市刘国荣、刘畅鹤、刘文斌、刘智华、刘士嘉、刘怡青等先生于1990年捐建）。钟鼓楼（台湾大甲镇澜宫1993年捐建）、进入祖祠庙门即到拜亭，后面即为天后祖祠正殿。正殿内祀妈祖宋雕软身。1958年，全村所有神像密藏。旧时，每逢农历正月到三月，各地妈祖祖庙组团护送妈祖神像到湄洲祖庙进香时，必先奉贤良港天后祖祠谒祖，进香队伍先来贤良港天后祖祠进香并驻驾一次，到湄洲妈祖庙朝圣进香时，銮驾都会到贤良港天后祖祠，举行谒祖进香仪式。后殿林氏宗祠，是供奉妈祖历代祖宗牌位和妈祖父亲、母亲的神像，及家庭的牌位。妈祖的父母也曾受历代皇帝敕封，清嘉庆六年（1801）父亲加封“积庆公”，母亲加封“积庆夫人”。后殿所供奉的圣父母神像著宋代官员和夫会服饰。
“重建天后祖祠记”碑石刻记清乾隆五十一年（1786）台湾安平镇官民募资重建天后祖祠的历史，墙上画有“妈祖祖先世系考”、“天后本支世系考”和“天后本支世系图”。
祖祠“迎宾阁”（台湾省新港乡奉天宫1989年捐建），旁石刻“中孝”二字为宋仁宗手书。
妈祖诞生地“妈祖故居”坐落在祖祠左侧，于2001年6月15日（农历闰四月廿四）台湾妈祖联谊会18家妈祖庙，因感念妈祖诞生地年久失修，集资重建，邀请古建筑专家设计、修建，总建筑面积800平方米，形成保持“妈祖故居”原先古朴风格及宋代南建的特色。
祖祠附近，尚有不少古迹和文物，妈祖诞生地贤良港天后祖祠、妈祖故居已成为世界各地妈祖庙谒祖、分灵、妈祖信徒朝拜祈求平安的圣地。（林自东/文）
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